（一）網絡安全問題

對于企業來說，數據的安全性至關重要，尤其是財務數據和客戶信息，這些數據是一個企業的核心機密。基于網絡的SaaS模式在網絡遭遇黑客攻擊、病毒侵害等網絡安全問題時，系統癱瘓、數據丟失等都是無法避免的，即使有數據備份或者丟失的財務數據可以恢復。丟失的財務數據給企業帶來的損失也將會非常嚴重。
 
（二）對SAAS提供商的信任度問題
 
基于SaaS的在線管理服務層出不窮，如在線會計，在線進、銷、存，在線客戶關系管理，在線“儲錢罐”等。企業在使用一種在線管理服務后，若發現有更適合該企業的在線管理服務，要轉向另一家SaaS提供商提供的在線管理服務，企業財務數據的安全性就會受到影響，因為企業的財務數據存放在前面一家SaaS提供商的服務器上。
 
（三）服務器運算能力問題
 
SaaS模式下，企業只需每年繳納一定的租賃使用費就可滿足自身信息化的需求，而且使用的人越多，均攤的成本越低。而SaaS模式主要是面向中小企業，而我聞中小企業數目眾多，且期初期未是各個企業財務處理的高峰時期，因此，在期初期末中小企業用戶數增多時，SaaS提供商服務器的運算能力會出現瓶頸，網絡的運行速度也會受影響，從而影響企業財務處理的時效性。
 
（四）與企業原各子系統的集成問題
 
企業信息化系統涉及生產、銷售、客戶關系管理、人力資源等許多方面的管理。這些管理子系統往往是根據企業的實際情況開發實施的，基于SaaS模式的財務管理信息系統能否與市場現有技術、企業現有子系統和數據庫之間實現無縫集成是個問題。